中国科学院海洋科学考察船队（即“中国科学院海洋大科学研究中心科学考察部”）下设船队办公室、船舶运维部、工程技术部三个部门，各部门主要职责如下：

船队办公室：船队的综合组织协调部门，承担船队日常管理工作。组织协调船队成员单位落实执行海洋大科学研究中心主任委员会决议；组织制定船队发展规划、年度运行维护计划、年度航次计划和经费预算；组织协调船队有关项目、人事、经费、资产和国际合作等工作；负责船队用户协调管理工作；负责船队对外联络、档案管理、信息宣传与科学普及工作；会同有关部门负责船队科考样品和数据统筹管理及成果统计。制定部门业务职能相关的管理制度与工作流程。

船舶运维部：根据国际海事组织、国际主管机关有关政策法规，制定部门业务职能相关的管理制度与工作流程。负责承担海洋科学考察船的安全保障、运行调度及维护保养工作；负责船员的培训和调配等管理工作；负责船舶档案管理；负责码头的运行维护管理工作；负责执行航次计划，保障航次安全，完成航次任务。

工程技术部：负责统筹调配船队的科考设备及工程技术人员；负责探测设备运行维护、升级改造等工作；协同船舶运维部共同完成海洋调查工作，保障作业安全，实现海上探测数据样品的采集与汇交；负责岸基支撑平台建设及运维；负责编制大型科考设备发展规划；开展关键技术和核心部件研发工作。