2018年10月，在国家自然科学基金共享航次的资助下，针对动力环境复杂、生态系统脆弱的长江口及其邻近海域，围绕“长江口及其邻近海域的物质输运及其生态与环境效应”这一科学主题，中国科学院海洋研究所和华东师范大学利用“科学三号”和“创新二”号科学考察船，组织实施2018年秋季长江口及其邻近海域的科学考察实验共享航次，调查长江口及其邻近海域的水动力过程、物质输运与沉积特征、重要生源要素生物地球化学过程、海洋污染及其生态效应、生物多样性与生态系统等内容，开展综合科学考察，获取基础观测数据，支撑关键科学问题研究，为阐明人类活动和全球变化影响下长江口及其邻近海域的长期变化过程和机理提供基础数据。

9月7日，“科学三号”圆满完成“透明海洋”工程2018年度南黄海标准断面调查项目夏季航次返回青岛母港。

2018年6月12日和2018年9月4日，中国科学院组织专家对“海岸带综合科学考察船”项目进行验收。本次验收分为建安验收、设备验收、财务验收、档案验收、总验收。