根据《中国科学院大科学装置运行管理办法》，本着“目标明确、计划加强、运行高效、开放共享”的管理原则，按照国际海事组织和中国海事部门的船舶管理体系的要求以及海洋科学综合考察船的行业特点，“创新一”号海洋科学综合考察船运行组织构架（单元框图）如下：

　　中科院烟台海岸带研究所海洋科学考察船运行管理中心船舶运维部作为烟台海岸带研究所的科研支撑部门，从事科学考察船的运行管理、安全保障、船舶维修检验、人员配备培训、考察设备维护管理等具体业务工作。海洋科学考察船运行管理中心船舶运维部以保证船舶安全、保护海洋环境、保障人员健康为方针，以服务于科研事业为根本，为获取有效、高质量的海洋数据而努力。依据国际海事组织以及我国海事局制定的有关公约、法律法规，安全、科学、高效地进行船舶操作，为海洋科学考察提供一个理想的海上平台。

　　海洋科学考察船运行管理中心船舶运维部有在职员工3人，劳务派遣人员14人。通过建立、运行和保持安全管理体系，保障了船舶中心安全和环境保护方针和目标得到逐步实现，促使安全管理进一步走向标准化、规范化和科学化。